Вот уже более 15 лет постоянным местом работы Елены Исаевой является старейшая из музыкальных школ г. Москвы ДМШ им. М. М. Ипполитова-Иванова на Таганке! Ежегодно её ученики становятся участниками, дипломантами и лауреатами городских, Всероссийских и Международных конкурсов и фестивалей, а так же поступают в средние, а затем и в высшие учебные заведения специального музыкального образования. Она работает с детьми от пяти лет, начиная с флейты-пикколо, далее продолжая обучение уже на большой поперечной флейте.  Благодаря многолетней работе, как с флейтистами, так и с вокалистами, Елена Исаева разработала свою методику «Резонансной игры на флейте», которую активно применяет в работе с учениками. Так же ею написана «Программа обучения для ДМШ и ДШИ», где подробно описаны упражнения и уровни обучения для семи лет в музыкальной школе. Её учеников всегда отличает красивое, вокальное и профессиональное звучание инструмента, а так же осознанная игра, что высоко ценится во флейтовом сообществе и позволяет выпускникам школы с лёгкостью выдерживать конкуренцию при поступлении в среднее звено музыкального образования.