Карьеру педагога Елена Исаева начала ещё до официального получения паспорта. Она работала в детской музыкальной школе педагогом флейты по приглашению профессора Московской Государственной консерватории им. П.И. Чайковского Александра Васильевича Корнеева. Дальнейшим официальным местом работы является ансамбль классической музыки «Созвучие», где в качестве флейтистки Елена выступала с образовательно-тематическими концертами для учащихся общеобразовательных школ, а так же для взрослой публики.

Дальнейший педагогический опыт Елена продолжила в детской музыкальной школе им. М.М. Ипполитова-Иванова города Москвы; и на протяжении вот уже пятнадцати лет её класс украшают неоднократные лауреаты и дипломанты всероссийских, международных и интернет-конкурсов. 

Результатом многолетнего труда в ДМШ им. М.М. Ипполитова-Иванова можно так же считать, написанную работу Е. Исаевой «Программа обучения по классу флейты для ДМШ и ДШИ», в которой предельно подробно изложена уникальная методика обучения игре на поперечной флейте. Эта работа получила высокую оценку среди профессионалов, а так же популярность среди любителей, как доступный и простой материал для понимания сложных вещей. Следующим этапом в методической деятельности стала новейшая разработка Елены Исаевой 2014 года, новое слово в истории педагогики; разработанная ею методическая система «Методика резонансной игры на флейте».

Следует так же отметить, что Елена ежегодно проводит образовательные мастер-классы, принимает участие в конкурсах в качестве оценочного жюри. По просьбе магазинов музыкальных инструментов ею так же многократно были тестированы инструменты различных марок для определения качества звука и возможностей поперечных флейт.

Второе высшее образование Елены как певицы так же послужило основанием для её педагогическо-исполнительских инноваций. Работая в оперной студии Государственной классической академии им. Маймонида, Елена разработала уникальную методику преподавания образного и сценического вокала, что выразилось в написании аспирантского квалификационного исследования на тему «Штриховая техника в вокальном исполнительском искусстве». Данная работа является единственным в истории вокального искусства исследовании на эту тему. Практическим же воплощением её идей стала постановка оперы Ж. Массне «Золушка» на сцене Московского Дома Музыки. Режиссёрская работа Филиппа Ситникова. Свои идеи в этой области Елена так же применила, работая, как приглашённый педагог ГИТИСа на курсе Романа Виктюка. Эти показы высоко оценил народный артист России, художественный руководитель Московского музыкального театра «Геликон-опера» Дмитрий Бертман.

Дальнейшее развитие в области театрально-образного вокала Елена получила, работая музыкальным руководителем Академии Детского Эстрадного Искусства (г. Москва). Ею, совместно с режиссёром Филиппом Ситниковым была разработана обучающая программа сценического, образного и вокального развития детей, а так же специальные обучающие тренинги, основанные на объединении дыхания и пластики.

В 2012 году Елена стала заведующей отделом духовых и ударных инструментов ДМШ им. М.М. Ипполитова-Иванова, а так же педагогом по вокалу этой же школы. В рамках школы ей были организованы и проведены «Тематические творческие встречи», а так же мастер-класс для молодых педагогов-флейтистов, что явилось так же инновационным событием в истории музыкальной педагогики.

С 2013 г. В рамках проекта «Babyconcert» Елена Исаева разработала уникальные интерактивно-обучающие концерты «Дыхание флейты -дыхание голоса», «Мандариновый концерт», «Тихий час» и «Baby голос» для детей от рождения до семи лет с родителями.

С 2014 г. Принимает участие в обучающем проекте «Learn Music».

С 2015 г. Является педагогом Московского Флейтового Центра.

Елена занимается частной педагогической практикой. Её ученики поступают в средние, высшие учебные заведения, как в России, так и за рубежом; являются солистами музыкальных театров и антреприз г. Москвы.